В ходе конфликта в Нагорном Карабахе азербайджанская армия применила сто основных боевых танков Т-90С.
До недавнего времени не было точных данных о количестве потерянных боевых машин данного типа. В самом начале боевых действий армянской стороне удалось захватить два таких танка. Об их дальнейшей судьбе ничего не известно, но военные эксперты делали предположения, что их, по всей видимости, просто подорвали. Возможности эвакуировать танки при полном контроле неба противником не было.